O pessoal da startup RevShock, conseguiu fazer um player de arquivos .SWF (Flash) em HTML5, o Smokescreen. Confira o exemplo de duas peças publicitárias, uma com Flash e outra em HTML5 nesta página.
Além de ser open source, roda perfeitamente no iPhone, iPod Touch e no iPad:
Ótima solução para o mundo mobile, que sem o Flash, acaba ficando carente de recursos para mídia mais interativa.